音乐学院前身为云南艺术学院音乐系，是1959年8月云南艺术学院成立时最早开办的教学单位之一。2002年1月，学校在原音乐系（1959年建系）和音乐教育系（1985年建系）的基础上合并成立了音乐学院。

音乐学院始终不忘“为党育人、为国育才”的初心使命，坚持立德树人根本任务，把思想政治工作贯穿教育教学全过程，持续推动“三全育人”综合改革试点走深走实。近年来，音乐学院基层党组织和党员师生先后荣获“全国党建工作样板支部”培育创建单位、云南省高校“一流党建”示范党组织、云南省“示范‘双带头人’教师党支部书记工作室”、全国最美家庭、全国五好家庭、云南省五一劳动奖章、云南省优秀共产党员、云南省大学生党员标兵、云南省最美高校辅导员、云南省高校辅导员年度人物、云南省高校辅导员素质能力大赛一等奖等荣誉。

办学60余年来，音乐学院着力优化学科专业和人才培养结构布局、丰富办学层次、改善教育教学资源、提升教育教学水平，办学实力不断提升，为国家培养输送了一批又一批优秀音乐艺术人才，为云南文化事业的繁荣和发展作出了极大贡献。现有本科、硕士两个办学层次，本科生专业涉及作曲与作曲技术理论、音乐学、音乐表演3个本科专业，11个专业方向；硕士研究生有音乐学、音乐2个研究生专业，10个专业方向。设有理论作曲系、音乐学系、音乐教育系、钢琴系、国乐系、管弦系、流行音乐系、声乐歌剧系、合唱系、民族声乐系十个教学系。截至2024年1月，有教职工107人，其中专任教师98人，教授24人，副教授25人，博士24人；有在籍学生1972人，其中，本科生1690人，硕士生282人。

近年来，音乐学院依托云南丰富多彩的少数民族文化资源，在教学、科研、创作、展演等各个方面取得了丰硕成果。现有国家级特色专业1个，国家级一流本科专业建设点1个，省级一流本科专业建设点2个；国家级一流本科课程2门、省级一流课程3门、省级精品课程2门、省级课程思政示范课程1门、省级重点课程1门、校级精品优质课程4门；省级优秀教学团队1个，被列为云南省高等学校实验教学示范中心、云南省复合型音乐人才培养模式创新实验区、云南省高等学校特色专业建设点。获评云南省“兴滇英才支持计划”——“文化名家”1人、“文体人才”1人，云南省政协特别联系艺术家1人，享受云南省政府特殊津贴2人，云南艺术名家工作室1个。出版专著和教材50余部。获中宣部“五个一工程”奖、中国音乐金钟奖、CCTV全国青年歌手大奖赛、云南省本土歌曲大赛等各类国家级、省部级重大展演奖项。

在强国建设、民族复兴的新征程上，音乐学院将以习近平新时代中国特色社会主义思想为指引，紧紧围绕立德树人根本任务，坚持走以质量提升为核心的内涵式发展道路，聚焦学科特色专业优势，不断夯实高质量发展基础，努力培养更多让党放心、爱国奉献、担当民族复兴重任的时代新人，为把学校建成具有国际影响和特色鲜明的国内一流艺术院校作出新的贡献。