流行音乐系成立于2003年，建立之初原称“现代音乐系”，2018年更名为流行音乐系。流行音乐系以招收、培养流行音乐表演（含演唱、演奏）高级人才为教学目标，开创了云南流行音乐高等教育的先河。专业设置主要有流行演唱和流行器乐演奏两大专业，其中流行器乐演奏含：电吉他、指弹吉他、电贝司、萨克斯、爵士鼓、流行键盘6个专业方向。

流行音乐系现设流行演唱教研室、流行演奏教研室两个教研室。开设了《演唱主科》《演奏主科》《流行音乐节奏训练》《流行音乐和声》《流行音乐写作》《流行合音训练》《音乐剧片段实践》《流行乐队合奏》《流行乐队编配与实践》《流行乐队原创排练》等主干课程。

流行音乐系现有专任教师16人，其中副教授3人，博士4人。近年来，流行音乐系师生在国内外专业赛事中佳绩不断，如2009级“木江子”组合曾获广西民歌节“一生所爱•大地飞歌”全国总决赛冠军，2020级“1577”乐队于2023年—2024年先后获得云南高校乐队大赛冠军、全国高校乐队大赛冠军、全国校园音乐大赛（乐队赛道）冠军。在2023年“金钟奖云南赛区选拔赛”的比赛中和2024年“云南省第七届本土歌曲创作暨展演”活动中，流行音乐系成绩斐然。