管弦系设立于2002年，是集管弦乐器研究、教学、表演为一体的教学系。管弦系演奏专业乐器种类丰富，共4个乐器群组（弦乐、木管、铜管、打击乐），14种乐器（小提琴、中提琴、大提琴、低音提琴、长笛、双簧管、单簧管、巴松、萨克斯管、圆号、长号、大号、打击乐、古典吉他）。

管弦系开设了《演奏主科》《重奏》《管弦室内乐》《管弦艺术史》《乐队排练》《合奏基础训练》《基础节奏训练》等主干课程。

管弦系现有专任教师15人，其中，副教授3人，硕士、博士专任教师9人。

音乐学院2022年组建的云南艺术学院青年交响乐团是云南省高校唯一一支双管编制齐全的交响乐团，乐团在第七届云南省大学生艺术展演活动中荣获一等奖，参加第三届“一带一路”音乐教育联盟国际大会，中国音乐学科高端论坛等重要活动演出，受到行业专家好评。