国乐系始建于1959年，原为民乐教研室，2002年音乐学院成立后，民乐教研室按“系”建设和管理，2009年获得硕士学位授予权，2017年更名为国乐系。

国乐系现设民族室内乐教研室、拉弦乐教研室、弹拨乐教研室、管打教研室共四个教研室，另组建有一个青年民族管弦乐团。开设了《演奏主科》《民族室内乐》《民族管弦乐合奏》《云南少数民族器乐演奏》《民族乐队指挥》等主干课程。其中，《民族室内乐》入选2024年第三批云南省线上线下混合式一流课程。

现有专任教师10人，其中教授1人、国家一级演奏员1人、副教授2人、国家二级演奏员1人，硕士专任教师7人。

近五年来，教师出版专著、教材、案例集10余部，发表核心论文3篇。参与国家级、省级重点科研项目2项。主持省级线上线下混合式一流课程、省级教学案例库、云南艺术基金、省戒毒管理局优势教育戒治横向项目、教育厅科研基金；校级教育教学教改、课程思政教改、团队建设、线上一流课程、展演；院级课程思政示范课等二十余项。分别荣获“第三届、第四届全国高校教师教学创新大赛暨云南省第六届、第七届教师教学大赛”省级铜奖；第七届“大学生艺术展演”国家级金奖；第七届“中国青年志愿服务项目大赛”金奖等。所属民族室内乐乐团活跃于云南省各大舞台并广受好评。